Além da presença na mídia, cabia-lhe organizar as diferentes frentes de apuração entre a equipe de procuradores envolvidos no caso. Tinha participação reduzida no dia a dia dos processos e das audiências na Justiça Federal.
Ele ingressou na operação logo em suas primeiras fases, quando o então procurador-geral Rodrigo Janot decidiu formar uma força-tarefa para se dedicar exclusivamente ao caso, diante das dimensões das descobertas em andamento.
No auge da operação, em 2016, ficou marcado pela apresentação de uma apresentação contra o ex-presidente Lula. Em 2020, desgastado pela divulgação de conversas que manteve no aplicativo Telegram, ele pediu desligamento dos trabalhos da operação, citando motivos familiares. Continuou, porém, se manifestando em redes sociais e em entrevistas sobre temas ligados à Lava Jato e à corrupção.
Sua saída da investigação ocorreu já em um momento de declínio, quando o procurador-geral Augusto Aras procurava mudar o modelo de trabalho de forças-tarefas. O grupo exclusivo da Lava Jato foi encerrado em fevereiro deste ano – como o jornal Folha de S.Paulo mostrou nesta semana, agora os investigadores até evitam usar o nome da operação.
Em meio aos embates com políticos, Deltan se tornou alvo de procedimentos no CNMP (Conselho Nacional do Ministério Público). Uma das representações o acusava de interferência em eleição para a presidência do Senado, em 2019, devido a críticas feitas ao senador Renan Calheiros (MDB-AL). Quando era questionado sobre a intenção de deixar a carreira no Ministério Público para entrar na política, Deltan costumava desconversar.
Em 2018, disse ao jornal Folha de S.Paulo que fora procurado por partidos e não quis dialogar: “Nunca tive o sonho de ser político ou criei planos concretos nessa direção. Ao mesmo tempo, eu me vejo contribuindo com a sociedade no futuro de diferentes possíveis formas. Inclusive em outras posições públicas e na iniciativa privada.”
No caso Telegram, um dos principais fatores de desgaste foi a proximidade demonstrada com o então juiz Moro. As conversas mostraram que Deltan antecipou o teor de acusações efetuadas contra Lula.
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